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Concordat de 1631 : présence de médecins lors de la visite des boutiques et contrôle des drogues, choix de la date des examens auxquels ils assistaient et décidaient de la réception des aspirants à la maîtrise à la pluralité des voix, etc.
Le Codex medicamentarius de Paris de 1638 fot rédigé par les cent neuf médecins de la Faculté de médecine, les apothicaires étant exclus de son élaboration, à une exception près. Contrastant avec ce monopole médical, les ouvrages pharmaceutiques majeurs édités au cours du dernier tiers du XVIIe siècle forent l'œuvre d'apothicaires privilégiés : Nicaise LEFEBVRE, Moyse CHARAS et Nicolas LEMERY.
Cependant, grâce à la création du Jardin royal des Plantes, auquel la Faculté de médecine était violemment opposée, dix apothicaires purent y enseigner la chimie, de 1652 à 1793, mais ce n'est qu'en 1777, avec la création du Collège de pharmacie, que les pharmaciens eurent le droit d'organiser des cours publics de chimie et de botanique, sans risque d'opposition.
Par leur contribution au développement scientifique, les apothicaires se dégagèrent progressivement de l'emprise de la Faculté de médecine, les deux professions affirmant leur différence, tout en concourant au même but : la conservation et le rétablissement de la Santé.