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Roi dut revenir au statut antérieur deux ans plus tard. L'évolution scientifique au XVIIe siècle laissait présager la séparation des deux métiers et en 1777 ce furent les apothicaires qui réclamèrent et obtinrent leur autonomie.
Par ailleurs, la population parisienne était mieux approvisionnée par les épiciers, au nombre de cinq cents en 1692, que par les cinquante-deux apothicaires qui constituaient la communauté de Paris en 1695 et la quinzaine d'apothicaires privilégiés. Dès lors, les apothicaires étaient en situation concurrentielle défavorable.
Un règlement de police à Paris en 1635 réservait la vente du tabac exclusivement aux apothicaires et seulement sur ordonnance médicale. II était interdit à toute autre personne d'en vendre, ce qui revenait à proscrire la vente du tabac à fumer. Cependant l'usage du tabac se répandait irrévocablement dans la société malgré de nouvelles interdictions. II est prouvé qu'il y avait des marchands de tabac et nous citons le cas d'un épicier qui débitait du tabac de Virginie en 1653. Cette situation insolite prit fin en 1674, Colbert ayant affermé la production et la vente du tabac à fumer. Les apothicaires continuèrent, comme précédemment, à fournir les compositions pharmaceutiques à base de nicotiane.
Au XVIIe siècle, en abandonnant aux épiciers la vente de certaines marchandises et en développant la préparation des remèdes chimiques, les apothicaires firent entrer la pharmacie dans l'ère moderne.